1434 verlegten die Benediktiner das Mauritiuskloster vom Werder auf dem rechten Weserufer an die Simeoniskirche, welche danach durch einen Chor erweitert wurde. Ab 1464 erbaute sich der Konvent dann nördlich eine eigene Kirche. Ende des 19. Jahrhunderts erfolgten grundlegende Restaurierungsarbeiten.
Ein neuer Turm an der Nordseite ersetzte 1911 den Fachwerkturm im Westen. der Benediktiner Heinrich Traphagen aus dem Mauritiuskloster hielt 1529 die erste evangelische Predigt und leitete damit die Reformation in Minden ein.  Zur Preußenzeit wurde St. Simeonis Garnisonskirche (bis 1945).